Adatok
A Tantárgybejelentőben megadott hivatalos adatok az alábbi tanévre: 2023-2024
Tantárgyfelelős
-
Dr. Börzsei Rita Judit
egyetemi adjunktus,
Farmakológiai és Farmakoterápiai Intézet
Óraszámok/félév
előadás: 0 óra
gyakorlat: 12 óra
szeminárium: 0 óra
összesen: 12 óra
Tárgyadatok
- Kód: OGF-FIG-T
- 1 kredit
- Gyógyszerész
- Fakultatív modul
- Tavaszi
Nincs
Kurzus létszámkorlát
min. 5 fő – max. 40 fő
Campus kurzusként elérhető 40 fő számára. Campus-karok: ÁOK GYTK
Tematika
A Farmakoinformatika a gyakorlatban tantárgy keretein belül a hallgatók bepillantást nyerhetnek a számítógépes molekulamodellezés elméleti és gyakorlati alapjaiba. Ez a tudás alkalmas arra, hogy betekintést nyerjenek egy a napjainkban rendkívül gyorsan fejlődő tudományterületre. Olyan programokkal és file formátumokkal ismerkedhetnek meg, amelyeket a számítógépes gyógyszertervezésben és az in silico tudományos kutatásokban egyaránt használnak nemzetközi kutatócsoportok és gyógyszergyárak is. A szervezetben megtalálható gyógyszercélpontok atomi felbontású szerkezetének előállítására használható a homológia modellezés. A kísérletesen meghatározott (vagy homológia modellezett) célponthoz pedig a számítógépes dokkolás segítségével lehet a gyógyszermolekulák kötődését vizsgálni, amely fontos a molekuláris hatásmechanizmusuk feltérképezése során.
Előadások
Gyakorlatok
- 1. Bevezetés a molekulamodellezésbe. PDB fileformátum megismerése.
- 2. PyMol grafikus program megismerése, molekulák 3D-s megjelenítési lehetőségei.
- 3. Molekula építés Lewis-képlet és szekvencia alapján.
- 4. RCSB PDB adatbázis megismerése. Receptorok, enzimek 3D-s atomi szerkezete.
- 5. Target-ligand komplex szerkezeti elemzése.
- 6. Kölcsönható target aminosavak meghatározása, a target-ligand kölcsönhatások meghatározása.
- 7. Homológia modellezés elméleti alapjai.
- 8. Homológia modell építése: UniProt adatbázis, BLAST search, Modeller program.
- 9. Homológia model validálása: Procheck Ramachandran plot.
- 10. Dokkolás elméleti alapjai.
- 11. Dokkolás gyakorlata online server használatával.
- 12. Dokkolás kiértékelése, a legoptimálisabb kötési mód meghatározása.
Szemináriumok
A tananyag elsajátításához szükséges segédanyagok
Kötelező irodalom
nincs
Saját oktatási anyag
Elektronikus formában közzétéve a gyakorlatok előtt
Jegyzet
Ajánlott irodalom
Alan Hinchliffe: Molecular Modelling for Beginners, Wiley, Chichester, U.K. 2003.
A félév elfogadásának feltételei
Legfeljebb 25 % hiányzás megengedett
Félévközi ellenőrzések
A hallgatók a kurzus végén vizsgát tesznek az elhangzott anyagrészekből. A vizsga feleletválasztós tesztkérdésekből áll. A teszt 60%-ot meghaladó teljesítmény esetén értékelhető, egyéb esetben 2 javítási lehetőséget biztosítunk.
Távolmaradás pótlásának lehetőségei
Tantárgyfelelőssel egyeztetve
Vizsgakérdések
Elektronikus formában a NEPTUN rendszerben elérhető a kurzus folyamán.
Vizsgáztatók
Gyakorlatok, szemináriumok oktatói
- Dr. Börzsei Rita Judit
- Dr. Zsidó Balázs Zoltán